Para determinar a concentração de nitrito e nitrato Nitrito (NO2–) e íons nitrato (NO3–) são formados a partir de amônio (NH4+) como parte do processo de nitrificação. O nitrito, que é altamente venenoso para espécies de água doce, é produzido no primeiro estágio do processo bacteriano. Se o processo de nitrificação funcionar, o nitrito é convertido em nitrato no segundo estágio. Maiores concentrações de nitrato em aquários de água salgada acabarão inibindo o crescimento de corais delicados. Um perigo representado pelo alto teor de nitrato para todos os aquários é o forte impulso que ele fornece ao crescimento de algas. Em casos raros, também pode ocorrer escassez de nitrato. Portanto, as concentrações de nitrito e nitrato na água do aquário devem ser testadas regularmente.